供应商选择成功后，要签署相应的技术协议和商务合同。
其中技术协议是要让供应商将企业的 MES 需求以合同的形式固定下来，其关注的要点有：
首先，是承诺的可直接实现的需求在系统中的实现模式。
其次，对于暂时不能满足的要求，如果需要二次开发的，需要明确需求及大概的工作量。
第三，与其他系统之间的集成前提和机理（可能需要与被集成的系统沟通能否实现）。
最后，需在技术协议中明确验收准则。
以下是EFF-TEC技术协议中关于验收准则的相关条款。
……
MES项目验收准则
1 、本验收标准的目的
该验收标准经甲方、乙方及甲方聘请的监理方共同协商拟定，目的在于采用合理、客观、
可操作的方式对乙方实施的MES系统各阶段及总体上线的成效进行验证，以确认是否满足业务管理的要求，及系统是否能够正常运行。
2 、验收的方式
乙方在阶段实施完成，或总体实施上线后，系统平稳运行一段时间后，乙方提出验收申
请，在经过甲方审批同意后，三方对系统进行现场验收。
3 、验收的内容
功能验收
对MES系统的主要功能进行验收，看系统是否满足甲方的要求，还有哪些功能需要进行二次开发？购买的模块是否已全部使用？各模块的应用情况如何？等。
流程验收
对MES系统中所有流程进行验收，看是否有应该固化的流程没有纳入到MES系统中，尤其是核心流程是否清晰，同时检查MES系统中的流程设臵是否合理。
数据及报表验收
系统的关键在于数据，数据及报表的验收主要是对系统中的数据准确性（静态数据和动态数据），以及系统中产生的报表能否满足管理要求等方面进行验收，同时通过数据及报表的验收可以发现MES系统是否有的设臵还不合理。此部分验收的主要标准是甲方所需报表的完成情况。
二次开发及接口验收
对MES系统中涉及的二次开发模块进行验收，包括模块的功能、集成性、升级情况等方面。
文档验收
文档是企业MES系统后续稳定运行的保障，通过文档的验收，可以保证甲方在离开实施方的情况下，MES系统仍可以正常运行，并可以跟随企业的变动随时作出调整。
培训验收
培训验收从培训工作的开展情况（系统总体与各模块的培训情况、操作人员的培训情况、公司中高层领导的培训情况等）和内部顾问的培养（培养1名合格的系统管理员，各模块均已有独立内部顾问，可对系统相关模块进行配臵、独立分析问题、独立进行培训等）两方面进行验收。
其它验收
对其它一些上面未提及的方面进行验收，如系统的稳定性与速度、购买模块的使用情况等。
4 、验收的标准
以监理方给出的验收报告中的结论为依据，结论为“通过”则说明阶段验收通过，结论为“不通过”则说明该次阶段验收不通过。甲方以监理方的验收报告为标志进行阶段性付款。
商务合同签署是除了关注价格等敏感问题外，还需要重点注意一下问题：
【关于二次开发】
因为需求变更而产生二次开发的需求，是每个信息系统实现必须面对的，但如果在合同中不进行相应的约束，软件厂商在实施过程中，往往会将属于配置性或系统功能缺陷而产生的需求，都划归为二次开发，从而达到增加相应的费用的目的，因此有必要在合同中界定清楚什么属于二次开发。建议在合同中加入：
“ 乙方所提供的软件应保证能够适应甲方业务流程及管理模式，因此产生的开发工作不属于二次开发。”
关于二次开发，除了界定二次开发的定义外，还得考虑二次开发模块如何交付的问题，软件公司往往会将企业作为二次开发的测试部门，因为时间等因素，将还未完全测试好的二次开发提交给客户。因此在接收二次开发模块的时候，最好让软件公司同时展示他们内部最终测试的过程文档。
此外，还需考虑清楚系统升级对二次开发的影响。建议在合同中加入：
“ 乙方因保证对二次开发的程序在进行升级服务等过程中不产生干涉，否则乙方将对产生的损失进行赔偿。”
最后，是关于二次开发相关的文档的交接内容一定要在合同签订之初谈清楚，并且接收的时候要非常注意，不要寄希望软件公司的内部管理会规范管理，会保留贵公司某个时段的某个版本。
【关于付款】
软件厂商通常的付款方式是将软件与实施分开签署，这种做法无可厚非，应该是这样，但关键问题是软件费用的付款周期往往是以合同签订、软件到客户、软件安装等为回款节点的，通常软件安装后要收回软件费用的 70%左右，从项目控制来说对企业时不利的。
最好的做法是软件与实施分开签署，但软件的回款周期与实施周期相匹配，完成某个体系，就按某个体系的软件费用+实施费用一起进行支付。这样的好处是以系统能用起来为依据，是以结果为导向的工作方式，且避免不必要的纠纷。
【关于服务费用】
通常软件公司会人天来进行结算服务费用，而且很多合同是开口合同，究竟需要花费多少，企业没有底，因此建议最好能约束服务款项上线，支付根据具体实施分步支付。
“服务总费用（包含：软件授权费、调研及实施费、满足甲方业务流程及管理模式的开发费用及合作过程期间内的服务费用）不超出本协议的总预算（如因甲方业务、经营模式、管理模式等发生重大变化而须进行二次开发，则开发费用双方另行协商）。”
【关于升级维护】
关于升级维护除了常规的约定外，更为关键的是以下两方面的内容：
一方面：关于免费维护期的起始时间的确定，通常“免费维护期”应该以本项目验收后开始计算。（很多软件公司是以软件交付开始计算，试想，通常 MES 的理想实施周期是六个月，而往往要拖到一年，系统实施完成后，就需要开交服务费了！
）
另一方面：扩容和用户数问题：对于扩容和升级的优惠，双方约定不超过一个上限；跨版本升级只收一个版本的升级费，升级在服务期内不收费。
【关于配套环境】
不同系统之间是有干涉的，最好在签订合同前确定好相应的环境要求，可将企业现有的环境让软件商确认。
某企业曾经因为病毒防护系统与系统不兼容，而被迫抛弃的之前的病毒软件，重新上了一套（费用增加不说，还带来了不必要的麻烦）；此外某企业在实施后才知道该系统不支持ORACLE 的数据库；至于因系统慢，临时增添设备的案例就不胜枚举了。
【关于顾问】
顾问是成功实施的关键，但往往好的顾问总是那么几个，如果进行好的约定？建议在合同中加入：
“ 所有实施顾问必须经过企业认可后才能上岗，顾问的更换必须经企业同意，派遣顾问前须告知企业，并得到企业的认可。乙方更换实施人员需承担一定的赔偿责任。”
当然，在合同签订的过程中需要坚持“有理、有利、有节”的思路，毕竟 MES 项目与简单的买设备还不一样，是一个共荣共生的事情，因此也需要给软件公司一定的空间。
