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1.阈值参数
大多数流式仪器，触发参数和阈值的默认设置都是FSC。
当FSC为阈值不足以有效区分目标和非目标颗粒时，可将阈值设置为其他参数包括荧光参数，或多个参数的组合形式如FSC和SSC或FSC和FITC组合。例如人白细胞分析，常可将阈值放置于CD45通道，有效扣除非白细胞杂信号。
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应注意的是，许多流式仪上的信号包括脉冲高度（H，荧光亮度），脉冲宽度（W，脉冲持续时间），以及两者结合得到的脉冲面积（A）以测量荧光总量。而默认参数通常是A，阈值参数使用的H，需将H参数的图形有意识地显示出来，以准确判断阈值设置多少是合适的，以免A和H值差异较大时可能造成的误扣除。
2.存储门控
（图片来自网络侵删）
设置阈值通常可有效减小数据文件的大小，使得存储的数据都是有效的。也可以通过门包括多重逻辑门的设置来界定存储目标，符合所设门条件的事件才会存储，以富集稀有细胞群。需小心确定存储门的设置，若因不合理丢失掉的有用数据将不可恢复。但是，随着计算机和分析软件的功能越来越强大，通过设置“实时”门而丢失相关信息的风险通常会超过减小数据文件大小的必要性。
3.阈值和分选
阈值以下的事件不会被仪器识别，会被电子系统完全忽略。在进行分选时也不会考虑这些阈值以下的事件是否符合分选条件的要求给予排除或纳入，所以会随机落入分选的目标液滴，可能污染目标细胞。故，若这些事件对后续实验没有影响则阈值将其扣除也没有关系，若有影响则建议使用尽可能小的阈值设置来识别出这些事件。
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