1．项目法人制度得不到落实：随着土木工程施工建设运行的投资主体日益多元化，法人制运作被分属到不同的管理单位。导致我国的法人制度得不到落实。再加上大部分的企业管理者都是由上级任命，经常调换工作岗位或工作地点。不能长期的在一个企业工作，这种随意调动的行为直接影响到企业长期发展目标的实现，这种基础不稳定性直接影响着工程的上层建筑，使工程管理失去了严谨性，工程项目也就无法实现优质精品目标。
2．投标管理不规范：土木工程进行招标的工程中经常出现弄虚作假现象，个别地区和行业地方保护主义盛行，使得工程承包，工程发包的价格过于低廉，甚至出现招标价格比预算低了50%的现象，而有的价格则是大大超过了竞标价格，这在一定程度上影响了招标的质量，造成日后施工过程中出现减料漏料等问题，不利于土木工程建筑企业的发展。
3．土木工程合同管理不规范：土木工程合同管理的不规范主要变现在其中存在着一些对甲方而言不平等的条约。我国目前使用的合同文本是国家咨询工程师联合会共同研究撰写的国际通用文本，在招标中，如果没有运用这一条款，很容易造成施工单位接受条件苛刻的合同文本，实施过程中得不到应得的索赔；也可能造成施工单位不遵照投标承诺，施工过程中敷衍了事，这在一定程度上造成了我国土木工程管理的不便。
4．土木工程质量与责任问题落实不到位：土木工程的设计质量与责任关联不大是土木工程管理有待解决的重要问题之一，这种管理缺陷容易造成设计得不到及时调整，工程质量标准不能够协调一致；施工单位为了不亏损出现偷工减料等现象，整体质量也得不到保证，甚至出现豆腐渣工程，给社会带来了巨大的危害。
5．工程监理质量低：工程监理面窄，且素质偏低。目前我国的工程监理制度还不完善，监理人只注重施工现场的工程质量验工计价的问题和签认工作等，这和工程监理的工作实质相差甚远。目前这种监理差异已经给我国带来了不可计数的损失。
6．非法转包的现象依旧存在：由于建筑行业的施工环节中有大量的农民工参与，使得工程的造价越来越低，工程只能依靠“广种”达到收益目的，且一些不正规的施工单位直接利用各种手段承包工程，不管自身是否有足够的人手和施工设备，只管竞标，分包，转包，并从中得到巨额利润，这就为“皮包公司”的发展提供了条件。
