独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。独立核算单位的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
非独立核算又称报帐制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。非独立核算单位的特点是：一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。
分公司一般都是非独立核算的，分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。
分公司的特征具体表现为：1、分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。2、分公司不独立承担民事责任。3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成4、分公司没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关。5、分公司名称，只要在总公司名称后加上分公司字样即可。
企业所得税应由独立法人资格的企业缴纳，不具有独立法人资格的分公司，应当汇总计算缴纳企业所得税，与分公司是否独立核算无关。
独立核算与非独立核算说的是企业会计核算的两种组织方式。两者在财务核算上是有较大区别的。
独立核算的意思是，某一会计主体对其资金状况和经营成果进行全面、系统的会计核算。根据《会计法》第二条的规定，国家机关、社会团体、公司、企业、事业单位和其他组织必须依照本法办理会计事务。也就是说，这些单位均属于独立核算的会计主体。
非独立核算又称报账制，通常是指独立核算的会计主体下设的内部会计主体，它们通常没有银行账户，不单独设置账套，不设置会计部门和人员。由上级单位拨给运营资金，从事业务活动的支出由上级单位报销，收入上缴给上级单位。
一个独立核算的单位下面可以有多个非独立核算的单位，比如企业驻外地的办事处、商业企业下设的门店,建筑业企业下设的项目部，工业企业下设的销售部等，都有可能是非独立核算的单位。
从税法的角度看，总分机构中的总机构，大体对应会计法中的公司、企业及其他缴纳企业所得税的单位，因此，新设立的总机构，均应选择独立核算模式。
如果一家公司在异地成立的分公司，属于税法中的分支机构，选择何种核算模式完全取决于本单位的管理需要，现行财税政策并无强制性规定。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定：除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点，但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
因此，企业所得税应由独立法人资格的企业缴纳，不具有独立法人资格的分公司，应当汇总计算缴纳企业所得税，与分公司是否独立核算无关。
所以，一家公司可以根据管理的需要，自行选择异地分公司的核算模式，但无论选择何种方式，均应当在法人层面汇总计算缴纳企业所得税。企业所得税的具体操作，应当参照《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》(国家税务总局公告2012年第57号)的规定执行。
分公司非独立核算与独立核算的利弊有哪些?
独立核算的特点是，在管理上有独立的组织形式；具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系，方便分公司自主经营。
非独立核算的特点是，一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只进行简易核算，方便上级单位有效控制。
这些区别意味着，独立核算与非独立核算在实际操作中面临的税务负担和财务管理要求有所不同，企业可以根据自身规模和业务需求及税务考虑选择合适的企业会计核算方式。
